卷十八
　　经过休息，众人決定返回东京，而在京都的最后一天，众人都有不同的遭遇。剑心与比古到了无名墓前拜祭，左之助及弥彦回到已成废墟的比睿山，而惠则与薰谈关于剑心的事，要求她坚强起来，在精神上好好的支持剑心。最后，众人带着轻快的心情，回到神谷道场。

　　平静的日子并不长久，从上海来的银发剑士，与夷腕坊的真身外印，在京都无名墓前会面。

　　一天，剑心在赤壁门口遇上一断臂男子，回想起是自己幕末时把他手臂斩断的。此男子名鲸波兵库，到上野山与银发剑士会合，然后以大炮把赤壁击毁。在现场发现写着“人诛”的纸箋后，剑心已想到复仇者的来意了。

　　在橫滨的別墅，同志陆续抵达，开始了雪代缘的究极复仇计划。

　　另一方面，弥彦为了变得更强，于是要求薰传授奥义，但薰并不答应。午夜时分，道场外突然传出声音，众人得知前川道场被人破坏，剑心大为紧张，前去之际，遇到左之助及受了伤的警员，得知蒲村署长亦受到袭击，于是与左之助兵分两路前往。

卷十九
　　左之助赶到前川道场，与穿着“无敌铁甲”的戍亥番神激战，左之助受制于番神的铁甲，处于下风。于是左之助使用双着极限，把铁甲打裂，但右手亦因而再受重伤。

　　另一边，剑心赶到署长府，与乙和瓢湖对战。剑心看穿了乙和的暗器并接下袖箭，之后，乙和放出毒烟，趁乱逃去，留下一句“人诛时时已到”给剑心。

　　回到前川道场，外印乘夷腕坊出现，随即弃下夷腕坊与番神离开，同样留下一句“已到人诛时时”给左之助，最后关头，左之助忽然发现夷腕坊体几藏着的炸弹，将其击向半空爆炸，救回众人一命。

　　同时，山上的鲸波再次发炮，把署长府击毁，剑心及时把署长一家救出。

　　天明时，剑心回道场途中，遇到了雪代缘。缘向剑心道出多年的仇恨，及定下十天后进行人诛复仇的计划。剑心大受打击，回到道场后，忧心仲仲，使大家十分担心。最后，剑心決定道出他的过去……

　　元治元年，身为维新千人斩的“拔刀斋”，在京都街上遇上了幕府的成员并发生激战。其中有一名将要成亲的武士不甘被杀，死前奋力一击，在剑心的脸上留下道伤痕。

　　之后，在与长州派首领桂小五郎的见面时，拔刀斋表示只会继续担任千人斩，这时，桂小五郎回忆起他与拔刀斋初次的见面……

　　一晚，拔刀斋于酒馆喝酒，为身旁一名的女子解困。离去时，遇上了幕府的影子刺客，激战过后，拔刀斋将其解決，但腥风血雨中，酒馆中的女子却站在他的身后……

卷二十
　　血雨中，雪代巴突然晕倒，拔刀斋突然放弃了灭口的想法，把她带他回所住的旅馆。之后，巴与维新志士们在旅馆住下来。

　　拔刀斋继续着天诛的行动，而巴继续留在旅馆帮忙。二人之时，感觉渐生。

　　六月五日，祗园祭，发生了“池田屋事件”，其后又发生“禁门之变”，长洲派义士大败，桂小五郎出外躲藏前，令拔刀斋与巴一起生活以避开幕府。此后，二人決定真正一起生活，永不分离。

　　五个月过去了，二人一直过着简单的田园生活，思想及心情都开始转变。此时，桂小五郎的心腹发现了內奸是饭塚而被杀，敌对的集团于是开始行动。

　　一天，巴的亲弟雪代缘突然来访，告诉她对付拔刀斋的行动就要开始，但此刻的巴已经爱上拔刀斋，把缘送走后，向拔刀斋说出她的过去。

　　二人互诉过去及心底的想法，第二天，巴決定为了拔刀斋，独自离去前往组织“暗乃武”。

　　暗乃武早已得知巴放弃了报仇，故此派缘投信，引拔刀斋来救巴。拔刀斋闯进“结界之森”，森林中，拔刀斋失去了直觉，在解決中条后因爆炸而丧失听觉，而在对角田及无名异之战中，除了受伤，更暂时丧失视力。但拔刀斋继续前进，终于到了巴所在的小屋，面对暗乃武的首领。

卷二十一
　　拔刀斋面对强敌，陷于苦战，更因天寒及失血而丧失触觉。就在他与辰巳拼死一击之际，巴为了帮助拔刀斋而冲出，辰巳被杀，但拔刀斋同时亦斩中巴，巴终于在拔刀斋怀中死去，死前在拔刀斋脸上又划出一道伤疤。

　　之后，拔刀斋细读其日记，才知道是他夺去了她过去的幸福。这时桂小五郎来访，要求他上前线当游击剑客，拔刀斋亦答应了。

　　其后，拔刀斋继续与幕府及新撰组战斗，鸟羽伏见之战，维新志士们终于成功打倒幕府，但战场中，拔刀斋看到了头发变白的缘，和那仇恨的眼光。

　　众人知道剑心的过去后，心情复杂，薰下定決心要为剑心的幸福而努力，而弥彦努力练习，以求变得更强。

　　另一方面，雪代缘在悠闲地等待着，而外印则在制作着神秘的东西。

　　接着的九天，大家都在各自努力，而剑心也渐回复心情。薰突然想到巴的日记可能有所帮助，故拜託操去取巴的日记，操及苍紫之后亦立即动身前往东京。

　　決战前一天，薰终于把奥义传授给弥彦，而她终于向剑心表白，剑心亦接受了。另一方面，斋藤终于查出缘是供应军火给志志雄的黑手，亦准备开始行动。

　　午夜来临，在夏祭的烟花中，六人同志乘热气球出现，鲸波首先发难，准备在空中发射大炮，左之助与剑心合力将其击落，鲸波落地后向道场发炮，左之助用斩马刀把砲弹弹回，剑心此时趁机将鲸波击倒。

　　之后，番神及乙和跳下接战，左之助迎战番神，乙和则准备狙击道场中人，相方僵持不下之时，外印決定出动。

卷二十二
　　左之助与番神缠斗之时，外印以夷腕坊三号出击，剑心遂与外印一战，而把乙和留给弥彦对付。

　　剑心的斩击，面对夷腕坊三号的“冲力吸收机关”，发挥不了作用，外印并以“随意关节机关”攻击剑心。剑心机智地用旋转斩把其右手斩断，不料外印使出了“穿腕击”，重创剑心。

　　其后，剑心以夷腕坊断掉的右手，挡下其攻击，再在其关节中刺进石块，使机关运作受阻，最后以“天翔龙闪”将夷腕坊及外印击败。

　　另一边，番神穿上“新无敌铁甲”迎击左之助，左之助陷于苦战，被番神以“轰斧爆”和“阿修罗碎”着击中。最终，左之助決定不顾右手的伤势，再次击出了双着极限，力量穿越铁甲，将其双手破坏，把番神击倒。

　　第三战，弥彦对乙和，乙和以另一暗器“毘沙门剑”出击，弥彦处于捱打状态，后得薰智破当中玄机，弥彦成功反击，但乙和此时使出了六道蠱，把弥彦刺至重伤。

　　剑心欲出手相助，但弥彦仍不肯放弃。最后弥彦凭顽强的斗志使出奥义“刃止”及“刃渡”，把乙和击倒。

　　这时，八目无名异突向薰偷袭，剑心及时救走她。同时，斋藤在道场出现。

卷二十三
　　剑心向八目问明对他的仇恨，八目道出其过去，并把族人的名誉及仇恨都放在与维新志士的战斗中。

　　此时，斋藤向八目挑釁，八目大怒攻击，利用“土砂之防壁”挡住牙突，并击伤斋藤。接着再战，斋藤攻向八目的左爪，并用“牙突零式”贯穿其手。八目逃走，准备用“铁弹地雷砲”对付斋藤，却被他悉破而被制服，斋藤欲杀之，但被剑心阻止。

　　最后的雪代缘乘热气球降至地面，与剑心決战。开战不久，缘以一招“蹴击刀势”击中剑心，然后道出了他在上海的悲慘遭遇及练成“倭刀術”的经过，令剑心愧疚不已。

　　负罪而战的剑心，处处落于下风，因不当地使出“龙卷闪”，反被缘以“回刺刀势”刺中。双方战斗跳上半空，一轮激战后，剑心成功用九头龙闪击中缘，但缘似乎全无痛苦。

　　之后，双方决意来个了断，剑心的“天翔龙闪”对缘的“虎伏绝刀势”，结果缘胜出，剑心受重伤。

　　剑心倒地，缘要他一尝活地狱的滋味，于是实行真正的“人诛”～夺去剑心的至爱。剑心听到后，超越痛楚，尽一切力量把缘击倒以阻止他，不料此时鲸波醒来，将剑心捉住。

　　浓雾中，缘正向薰迫近……

卷二十四
　　浓雾中，薰与缘遇上，缘把薰捉住弄晕。此刻，剑心仍被鲸波捉住，就在千鈞一发之际，左之助和斋藤出手相助，得以脱身。

　　剑心寻找着薰，被一阵阵的白梅香引领，遇到了缘，再循香走进道场，赫然发现薰颓然坐在地上，胸口插着刀，面上划上十字刀疤，已然气绝。

　　薰的葬礼有不少人参加，唯独没有剑心。过后，终于查出剑心正在“落人群”。剑心一心在这放弃人生的人群聚集之处，了此残生，众人无奈，但又无力阻止。

　　晚上，弥彦百感交集，刚好遇上抵达东京的苍紫与操，向他们交待事件，操悲哭流泪，而苍紫则在静思其变。

　　第二天，左之助看到剑心不能震作，铁念俱灰，毅然告別离去，途中遇到操及弥彦，也挥手告別。而道场里，苍紫要惠详细道出当时经过，细思事件背后隐藏的真相。

　　操及弥彦来到落人群，被当地的人围攻，幸一名糊涂的神秘老人出现为他们解困。他俩对剑心说会找缘报仇，并会在道场等他回来。

　　苍紫发现人诛过程中有疑点，怀疑薰未死，提议开坟。各人虽不忍，但为了寻找真相決定行动，结果发现尸身乃是人偶。

　　此时，薰被困于一荒岛之上，没法逃走，薰唯有想办法。此时，缘打算收拾外印。

　　弥彦想到从斋藤处可得到情报，于是前往警局，经过一轮讨论后，斋藤终于透露雪代缘的情报，由弥彦他们负责找薰，而警察全力搜捕缘。

　　另一方面，吴黑星与四星来到小岛，与缘确认交出首领之位之事，之后，薰欲肋持受了伤的缘逃走，但缘在此时失去常性，要杀薰以祭姐灵，下手之时却突然嘔吐大作，薰因而得知缘不杀她的原因是因为下不了手。

　　缘及黑星欲把外印消灭，却被他走脱。返回东京后，外印欲夺回人偶，不料苍紫早料此着。双方激战，最后苍紫反利用外印的钢线，把他活活烧死。

卷二十五
　　燕为薰之死仍伤心得很，弥彦不忍，欲告诉她真相。此时警察署內，鲸波再次狂性大发，逃出监狱，夺取“连射型改造掷弹射出装置”，夷平了警察署，并闯进城中。

　　此时，巡警正疏散城中署民，弥彦知道事件后，主动协助及指挥他们，決心阻止鲸波，燕担心不已，流泪看着弥彦离去的背影。

　　鲸波来到，弥彦与几名巡警利用地形夹击他，弥彦以自己引开鲸波，然后指挥新署从背后攻击，再用龙翔闪击中鲸波要害。就在警察把鲸波包围之时，一小孩走过，鲸波开砲，弥彦奋勇拯救小孩。后众警察合力阻止，小孩安全逃离，剩下弥彦对鲸波一对一的局面。

　　燕恐弥彦战死，決定到“落人群”往找剑心相助。斋藤和苍紫解決缘的基地之后得悉此事，亦急急前往。

　　面对鲸波，弥彦使出了“刃止”及“刃渡”作最后一击，但鲸波精神超越肉体，把弥彦击倒。

　　剑心听到燕的哭诉，陷于一片迷茫中，过往种种经历尽在脑海盘旋，最后在老糊涂的劝说下，剑心重拾要保护身边的人这信念，于是破开锁链，前往营救弥彦。而老糊涂亦离去，前往京都为女儿扫墓。

　　弥彦作出最后挣扎，但已无法还击。就在千鈞一发之际，剑心及时以“九头龙闪”救了弥彦，并斩去鲸波的大砲。及后，弥彦严责鲸波，对他说出武士应做的事，鲸波因而悟出自己的執着，放弃抵抗就逮。

　　另一方面，缘渐康复，并从黑星处知悉剑心已经复活，決定要把他打进真正的地狱。

　　回道场后，剑心及弥彦一直昏迷着，而斋藤決定了四天后乘船直闯缘的基地。

　　在远处信州的旅馆街上，一名小女孩正给一土霸欺负，欲吵着了在酒馆喝酒的左之助，冲突一触即发。

卷二十六
　　左之助正闷想找人打架，遇上了正作人保镖的比留间兄弟，便把他们轻易击倒。当地的土霸不动泽看中了左之助的力量，请他对付阻挡他控制该地的东谷老头。

　　左之助与东谷见面，竟发现他是分別多年的亲父，二人不由分说立即开打，打至双方都倦极倒下方止。之后，双方谈起往事，东谷也道出不动泽的恶行。

　　翌日，东谷一家出城卖草笠，但商店老板因受不动泽恐嚇而不敢收取。此时不动泽连同大群手下来到，准备动手之际，左之助加入战团，把动手的人击倒。之后，左之助发现支持不动泽正是刃卫事件中的谷十三郎，谷十三郎因害怕剑心介入事件，決定当晚由不动泽带同二百手下解決左之助及东谷。

　　当晚，村民带来酒肉，为东谷打气。酒后，东谷准备独自去对付不动泽，途中遇上左之助，左之助把父亲打晕，代父出战。先轻易地击败不动泽，再一口气击倒二百人。

　　事后，左之助与父亲道別，前往教訓谷十三郎，再回到东京找剑心及弥彦。而经此一役，旅馆街回复平静，央太亦決心以左之助为目標成长。

　　左之助回东京后，听了惠细说期时发生的事。不久，弥彦醒来，剑心在梦中看见巴对他微笑，找到赎罪的答案，终于完全振作。

　　终于，到了決战的一天，剑心一行人及警察乘船到小岛，不料四周被水雷包围。幸得操以苦无开路，剑心等七人得乘小船率先登陆。而来沙滩迎接的，是吴黑星及四星。

卷二十七
　　吴黑星下令四星出击，四人分別展开四场激战。

　　首先由青龙对斋藤。善于观察的青龙，看破了“牙突”的弱点，把斋藤斩伤。之后，斋藤再使用牙突，但改变招式用右手捉住青龙的脸，再使出牙突把青龙击溃。

　　另一边由善于模仿的朱雀对苍紫。苍紫的每一招都被朱雀以同一招克制，处于下风。后来苍紫剑被击飞，他突使出拳法，反败为胜。

　　而白虎则遇上左之助，擅长变化攻击的白虎，一直使出花巧招式，却被左之助以简单招式反击成功。其后白虎使出卑鄙蹈周沙攻击，左之助怒极使出了“双着极限”把其击败。

　　最后是玄武对弥彦，深思熟虑的玄武，面对弥彦的“刃止”，把其蛇棍变化成六节棍，破解之冲更把弥彦击伤。最后，弥彦在蛇棍变化之际，顶全了棍的末端阻止其变化，更把蛇棍破坏而取得胜利。

　　四星溃败后，逃走的吴黑星被缘一拳击倒，薰亦赶到与大家再会。之后，剑心对缘的最后一战展开了。

　　一开始，缘使出“战岚刀势”，把剑心逼退。剑心用“九头龙闪”反击，却被缘全数挡下。之后，二人转向空中比方式，缘使出“疾空刀势”，剑心勉强挡下，再利用“龙翔闪”反击之时，缘成功挡下，再用“疾空刀势”把剑心击倒。

　　战斗再续，剑心再次使出“九头龙闪”之时，缘快一步先把他轰飞，再用“轰墮刀势”把剑心打伤。缘要剑心自尽，但剑心却以抵偿罪孽的答案回应。

　　缘怒极，爆发“狂经脈”，把剑心痛殴至亳无还击之力。之后，他准备用“疾空刀势”了断，但剑心已准备以“龙鸣闪”应战。

卷二十八
　　一击过后，缘的左耳及平衡感被“龙鳴闪”的音波破坏，缘自毁左耳，并決定使出“虎伏绝刀势”杀死剑心，而剑心亦以“天翔龙闪”应战。

　　已找到答案的剑心，踏出强力的一步，使出了“天翔龙闪”，而缘心中的巴，那刻却不对他微笑，结果他放弃使出“虎伏绝刀势”而败下。

　　此时，黑星再度出现，枪伤剑心，薰准备舍身为剑心挡弹之时，缘把黑星击倒，准备杀他时，剑心阻止了他。缘终于颓然跪下。

　　警察来到，把缘带走，临行前，薰把巴的日记送给缘，而缘之后逃走，去了“落人群”，与老糊涂相遇。

　　而剑心与薰则去了京都扫巴的墓，回去后，惠对剑心说出他身体的问题，于是剑心约斋藤決斗，但斋藤没出现，并从此消失。

　　之后，苍紫、操、惠道別了大家回到故乡。而左之助因为信州的事件而被警察通緝，最后决定与剑心道別，离开日本，闯向世界。

　　五年后，剑心与薰有了小孩剑路。在弥彦成年的那天，剑心把他叫到道场，与他決斗。过后，剑心把逆刃刀送给弥彦，弥彦离去，剑心一家三口，迈向新紀元。