距离与雪代缘的战斗已经过去了十几年，剑心与薰的儿子剑路已经长大。
　　这些年以来，剑心一直在为正饱受贫穷、战乱与疾病所苦的人民而四处奔走，不幸身染奇病。而此时，十几年未见的山县大人忽然找到剑心，希望他能领导日本军队在中国作战，却被剑心回绝，剑心不会再为战斗而奔赴战场，除非是为了援救因战争受苦的人。因此，最终他还是出发了，因为那里有很多因战争受苦的人。
　　薰每天都盼望着剑心的归来，直到有一天，她感觉到自己已经无法每天去码头——剑心的病已经传染给了她。能与剑心一起，薰无怨无悔。

　　病倒的薰有时会梦到她与剑心的过去，那些事一次次地拉近两个人的心。
　　她想起她被藤堂刃卫绑架时，那是她第一次见到剑心瘦小的身躯，以及那上面遍布的伤痕。
　　当与志志雄决战结束时，看到再次遍体鳞伤的剑心艰难地抬起头看着她……
　　当她被雪代缘绑架之后，在雪代缘的别墅，那等待剑心来时的心情，并不会因为剑心到来后雪代缘会杀死自己而有一丝一毫地减弱，终于地平线上出现了大船的影子……

　　弥彦终于在比古清十郎的家找到了剑路，然而剑路并不想回去，他想了解什么是剑的真正力量。不过，弥彦最终还是带着得到逆刃刀的剑路回到了薰的身旁。
　　得知薰也得了重病，阿惠从会津赶来，她的到来，为道场带来了一些活跃的气息，阿燕也经常来道场帮忙。阿惠注意到已经是冬天的季节而屋外还挂着本应属于夏天的风铃，薰说，剑心走的时候是夏天。

　　在中国，佐之助找到了已经十分苍老的剑心，因为来中国的船遇上了暴风雨，剑心被从船上抛了出去，居住在海边的一间十分陈旧的茅屋中，每天望着远方，希望能看到能接他回去船。
　　佐之助渐渐明白，这次两人的见面，也许是最后一次。他想到了以前，那个能轻松打败他的剑心，那个阻止他去袭击英国大使馆的剑心，和眼前这个人……
　　佐之助下定决心，要帮助剑心回到日本。他带着他来到了上海，这里有一艘驶往横滨的货船，送他上船后，佐之助静静地说：“再见了。”
　　从横滨到东京有很长一段路程，剑心下船后径直向神谷道场走去，而薰似乎感觉到了什么，没有通知任何人便离开了道场。这时候两个人已经是非常的虚弱。
　　终于，在一个街角，两个人看到了对方，他们终于在这最后的时刻又见到了对方，“我回来了……”“欢迎回来，心太……”
　　最后，在樱花飞舞的季节，在薰的怀中，剑心默默地离开了人世，就好象当年的巴一样，他脸上的十字疤也随着他的生命而消失了。

　　在此之后，剑路和他的心上人，也幸福地生活在了一起。